Κατά την περίοδο αυτή, πρέπει να χρησιμοποιούνται μέθοδοι βιολογικής παραγωγής αλλά το προϊόν που προκύπτει δεν μπορεί να πωληθεί ως βιολογικό. Η διάρκεια της εν λόγω περιόδου μετατροπής εξαρτάται από το είδος του παραγόμενου βιολογικού προϊόντος:
- 3 έτη για οπωρώνες με πολυετείς καλλιέργειες μαλακών φρούτων, οπωροφόρων δέντρων ή αμπελιών·
- 12 μήνες για εκμεταλλεύσεις βόσκησης χοίρων και πουλερικών·
- 2 έτη για ετήσιες καλλιέργειες βοσκοτόπων για μηρυκαστικά.
Η περίοδος μετατροπής μπορεί να είναι δύσκολη για τις βιολογικές εκμεταλλεύσεις. Με τις βιολογικές μεθόδους η απόδοση συχνά μειώνεται, ενώ παράλληλα τα τρόφιμα που παράγονται κατά τη διάρκεια της περιόδου μετατροπής δεν μπορούν να πωληθούν σε τιμές βιολογικών προϊόντων.
Για τον λόγο αυτό, η Ευρωπαϊκή Ένωση και οι χώρες που την απαρτίζουν προσφέρουν διάφορα μέτρα στήριξης για να βοηθήσουν τους παραγωγούς βιολογικών προϊόντων στο ξεκίνημά τους.
Όλα τα φυτά που καλλιεργούνται κατά τη διάρκεια της περιόδου μετατροπής πρέπει να προέρχονται από βιολογικούς σπόρους.